arp-4

Ncra_arp-4      MSHQQPLSSSVQPTDIYGGDEVSALVLDPGYCNTRAGYAGEEMPKQVLPSFYGHINGRD-------VFGDEYIVPK--PGFEVRNYMNRDSVVEDWDAATRMWEHVLVKRLQPERSTPPSKKGINIS-DD  120    Actin  MreB_Mbl 
Asub_arp-4      MN-----SYNAPATQEYAGDEINALVLDAGSFTTRAGFAGEDTPKSVIPSVYGSIASADADSKSRYLFGENAIHNPYQPHMDIRSPYDADGIVEDWDAASRLWEYSITSRLTGAKPTPAAKNGLNIDNED  125    Actin 
Anam_arp-4      MN-----SYNAPAPQEYAGDEINALVLDPGSFTTRAGFAGEDTPKSVVPSVYGSIAGADADSKSRYLFGENAIHNP-QSHMEIRSPYDSDGIVEDWDAAARLWEYSITSRLTGTRPTPATKNGLNDDKKE  124    Actin  MreB_Mbl 
Apul_arp-4      MN-----SYNAPAPQEYAGDEINALVLDPGSFTTRAGFAGEDTPKSVIPSFYGSIAAADADSQSRYLFGENAIHNP-LPNMEIRSPYDSDGIVEDWDAASRLWEYSITSRLTGARPTPAAKNGLNDDTED  124    Actin  MreB_Mbl 
Amel_arp-4      MN-----SYNAPAPQEYAGDEINALVLDPGSFTTRAGFAGEDTPKSVVPSVYGSIAGADADSKSRYLFGENAIHNP-QPHMEIRSPYDADGIVEDWDAASRLWEYSITSRLTGARPTPAAKNGLNDDKKE  124    Actin 
                 *.     * .. ..: *.***:.*****.*  .****:***: **.*:**.** * . *       :**:: *     . :::*.  : *.:*******:*:**: :..**   :.**. *:*:* . .

Ncra_arp-4      GDVPMEDDGNNNEDATDALEKPLAENPLLMTEAPWNSPKAREKAIEISMETWGVPAFWLSKTPVLAAFAAGKATALVIDVGGANTSVTAIHDGMVLKRSIQRSPVGGVWLSSQICKMWDGSEPKVDVVPR  250    Actin  MreB_Mbl 
Asub_arp-4      GDKPEDGDGDVAMEGIEEQEKPMSEHPLLMSEPAWNPAKHRAKCMEIALEDWGAPAFWLGKTGVLAAFASGKPNALVIDIGASTTSVTPVHDGFVLKKGVQKSSLGGNFVSEQLRLQFSKMEPAVSLMPH  255    Actin  MreB_Mbl 
Anam_arp-4      GDEAEDGDGDVAMEGIEEQEKPMSEHPLLMSEPAWNPAKHRAKCMEIALEDWGAPAFWLGKTGVLAAFASGKPNALVIDIGASTTSVTPVHDGFVLKKGIQKSSLGGNFVSDQLRLQFSKMDPVVSFTPH  254    Actin  MreB_Mbl 
Apul_arp-4      GDKPADGDGDVAMEGVEEQEKPMSEHPLLMSEPAWNPAKNRAKCIEIALEDWGAPAFWLGKTGVLAAFAAGKPNALVIDVGASTTSVTPVHDGFVLKKGIQKSSLGGNFVSQQLRLQFSKMDPVAPLVPH  254    Actin  MreB_Mbl 
Amel_arp-4      GDEAGDGDGDVAMEGIEEQEKPMSEHPLLMSEPAWNPAKHRAKCMEIALEDWGAPAFWLGKTGVLAAFASGKPNALVIDIGASTTSVTPVHDGFVLKKGIQKSSLGGNFVSEQLRLQFSKMDPVVSLTPH  254    Actin  MreB_Mbl 
                :** . :.**:   :. :  ***::*:****:*..**..* * *.:**::  **.*****.** ******:**..*****:*.:.****.:***:***:.:*:*.:** : *.*:   :.  :* . . *

Ncra_arp-4      FMVESKKPVEAGAPAEANLRKFNFDIHPSFRAYEEERVLTEFKESVVEVWRGPQRFTTPG------NEDAVRTQPGRVFEMPDGSNQMWREQRFKVSEGMWDETAAYNSTDEEGRVTKAQTIPALIKAAL  374    Actin  MreB_Mbl 
Asub_arp-4      YMVKSKSPVDAGQPANAVYIKHDIPPTDSFRKNEEERIFTSFKESMVQVWQGPGKLDLTDNMNNQPNVDVIKTLPPRPFEMPDGWNQVFGIERFRVAEGLFDAKAALT-DDSHPAPDQKHTITQMVQAAL  384    Actin  MreB_Mbl 
Anam_arp-4      FMVKSKSPVDAGQAPNATYAKFDVPPTDSFRKNEEERIFTSFKESMVQVWQGPGKLDVVDGMGNHVNVDTIKSLPPRPFEMPDGWNQVFGIERFRVAEGLFDAKAALT-DDSHPTPDQKHTITSMVQAAL  383    Actin  MreB_Mbl 
Apul_arp-4      YMVKSKSPVDAGQPSNAEYMKFDIPPTDSFKKNEEERIFTSFKESMVQVWQGPGKLDQADGVGNHPNINAVKDLPSRPFEMPDGWNQVFGIERFRVAEGLFDAKAALT-DDNHPAPDQKHTITQMVQAAL  383    Actin  MreB_Mbl 
Amel_arp-4      FMVKSKSPVDAGQAPNASYIKFDVPPTDSFRKNEEERIFTSFKESMVQVWQGPGKLDLTDGMGNHVNVDSVKTLPPRPFEMPDGWNQVFGIERFRVAEGLFDAKAALT-DDSHPTPDQKHTITAMVQAAL  383    Actin  MreB_Mbl 
                ::**:**.**:** ..:*   *.:.    **:  ****:: .****:*:**:** ::   .      * : ::  * * ****** **::  :**:*:** :* .** .  *..    : :**. :::**

Ncra_arp-4      EGVDVDLRPNILGNVVVTGSTSLLNGFNDRLNHELAQMYPGVKIKIHAAGLTTERRFGAWIGGSILASLGTFHQMWISRKEYDENGAGIVEKRCK  469    MreB_Mbl  Actin 
Asub_arp-4      SAVDVEIRPVLLNNIVLTGGGSLLDKLAERLHNELSTLYPNPRVRVHASNIVTDRKYGSWVGGSILASLGTFHQMWISKKEYEEHGSSIIEKRCK  479    MreB_Mbl  Actin 
Anam_arp-4      SAVDVEIRPVLLNNIVLTGGGSLLDKLAERLHSELSALYPNPRVRVHASNIVTDRKYGSWVGGSILASLGTFHQMWISKKEYEEHGSSIIEKRCK  478    MreB_Mbl  Actin 
Apul_arp-4      TAVDVEVRPLLLNNIVLTGGGSLLDKLAERLHSELSALYPNPRVRVNASNLVTDRKYGSWVGGSILASLGTFHQMWISKKEYEEHGSSIIEKRCK  478    MreB_Mbl  Actin 
Amel_arp-4      AAVDVEIRPVLLNNIVLTGGGSLLDKLAERLHGELSALYPNPRVRVHASNIVTDRKYGSWVGGSILASLGTFHQMWISKKEYEEHGSSIIEKRCK  478    MreB_Mbl  Actin 
                * .***::** :*.*:*:**. ***: : : *: **: :**. :::::*:.:.*:*::*:*:*****************:***:*:*:.* ****

Input files: MFA/Ncra.CLOCK.v02.Aure.arp-4.aln (alignment), ALN//Ncra.CLOCK.v02.Aure.arp-4.dom.rgns (regions: exons, domains, low-complexity, etc)

5 sequences, alignment length = 520
sequence lengths:
  469  Ncra_arp-4
  479  Asub_arp-4
  478  Anam_arp-4
  478  Apul_arp-4
  478  Amel_arp-4

#domain Ncra_arp-4Asub_arp-4Anam_arp-4Apul_arp-4Amel_arp-4
1Actin1  18..468
1  13..478
1  13..477
1  13..477
1  13..477
2MreB_Mbl1  78..111
2  134..237
3  339..423
1  143..244
2  366..424
1  60..108
2  142..238
3  367..422
1  48..107
2  139..238
3  365..422
1  142..240
2  367..421

ARC.colors file was not found, using default colors.

Alignment Regions Colorize, ARC v061